Ein wesentlicher Vorteil der Aquaponik im Vergleich zur reinen Hydroponik ist die Art der Nährstoffversorgung. In einem aquaponischen System werden die Pflanzen nicht nur durch synthetische Nährstofflösungen versorgt, sondern auch durch die Ausscheidungen der Fische. Diese enthalten eine Vielzahl von wichtigen Nährstoffen wie Stickstoff, Phosphor, Kalium und Spurenelemente, die von den Pflanzen direkt aufgenommen werden. Fischwasser bietet daher eine natürliche und vielfältige Nährstoffquelle, die das Wachstum der Pflanzen auf natürliche Weise unterstützt. Im Gegensatz zu reinem Hydroponik-Wasser, das in der Regel auf synthetische Dünger angewiesen ist, ist Fischwasser nicht nur nährstoffreich, sondern enthält auch organische Verbindungen und Mikroben, die das Pflanzenwachstum fördern und die Bodenqualität verbessern. Das biologische Gleichgewicht im System, unterstützt durch die Symbiose zwischen Fischen und Pflanzen, trägt somit zu einem gesunden, nachhaltigen Anbau bei und minimiert den Bedarf an externen Nährstoffzufuhr.